La presenza di un fiume navigabile è stata una delle concause che portarono alla scelta dell'area dove fondare la nuova colonia nel 181 a.C.: la realizzazione di punti di approdo attrezzati appare pressoché contemporanea, come anche la costruzione del Canale Anfora, destinato a regolare i flussi delle acque in relazione alle maree. Le barche potevano risalire la corrente anche tramite alaggio, ossia attraverso il traino con funi lungo appositi percorsi, le viae helciariae, delle quali sono state riconosciute le tracce.

Recentissimi studi interdisciplinari hanno fatto emergere aspetti di notevole interesse inerenti la portualità di Aquileia romana, specie per quanto concerne il rapporto con l'idrografia della zona. Nel quadro delineatosi, il Porto repubblicano e proto- imperiale era posto più a occidente di quello attualmente visibile, in relazione allo spostamento del fiume verso Est: il canale Anfora era ad esso collegato da un sistema basato su corsi d'acqua e canali artificiali. Nella zona di Monastero, a nord del porto fluviale, sono stati scoperti tre ponti, uno dei quali di notevoli dimensioni; in località S. Stefano, subito a Nord del Foro, si è evidenziata la presenza di un canale fornito di banchina.
In base a quanto riscontrato era possibile circumnavigare il perimetro cittadino.