La loro costruzione venne decisa nel 1898, in concomitanza del Giubileo di regno di Francesco Giuseppe, al fine di ricoverare i monumenti lapidei, fino a quel momento in parte sistemati in Museo, in parte sparsi nel giardino. Il primo braccio venne eretto entro il 1908, su un progetto unitario del prof. G. Neumann. Allo stesso tempo si provvide al rimboschimento del giardino. Di questa fase si possiedono numerose foto d'epoca.
Per l'innalzamento del secondo braccio si giunge al 1939, mentre il quadriportico alla spalle del lapidario vecchio ed altre due gallerie vennero costruiti negli anni Cinquanta.
Nel Lapidario così costituitosi trovano coerente sistemazione ingenti materiali, divisi per tipologia e ordinati in ordine cronologico nei singoli bracci: le classi più significative sono certamente date dai monumenti funerari e dai mosaici.
Le attestazioni funerarie sono state disciplinate in modo da offrire una visione organica dei diversi modelli presenti ad Aquileia, ciascuno dei quali fornisce informazioni su consuetudini sociali e famigliari e su credenze religiose e spirituali.
Assai suggestivo è il braccio in cui sono raccolte le are. Tale tipo di monumento, a forma di parallelepipedo, si articola come una struttura architettonica su zoccolo a gradini e con alto coronamento a cupide: preferito da liberti e soldati, va collocato nel I sec.d.C.
Altrettanto interessante è la visione dei bracci con le stele: un loro esame permette di cogliere l'esistenza di numerose particolarità nella struttura e nella decorazione. Va notato il gruppo unitario relativo a fanti e cavalieri delle legioni XI Claudia e I Italica, stanziati in città per la difesa dei confini orientali, databili tra la fine del III e la prima metà del IV sec.d.C. Esse restituiscono l'onomastica dei soldati, dei quali si nota l'origine barbara, l'abbigliamento e i tipi di armi a ricomporre un quadro unitario. Non vi sono cenni, nelle più tarde, che alludano a credenze cristiane, a confronto di altri monumenti coevi di militi nel Museo Paleocristiano.
Si segnalano ancora due singolari monumenti: la stele del medico Hagius Aius e quella della mima Bassilla. La prima, databile alla fine del I sec.a.C., mostra rappresentata una porta a due battenti, che simboleggia l'ingresso all'Ade; si tratta di un tipo piuttosto raro trasmesso dalla Dalmazia, ritenuta sede di numerosi passaggi naturali al regno dei morti. La seconda mostra in una nicchia il ritratto della donna, pettinata secondo la moda del III secolo, cui segue la lunga iscrizione in greco, posta dai colleghi, che si conclude con l'esortazione "Fatti animo, Bassilla: nessuno è immortale".